Вернуть переплату по налогам можно на основании заявления. 

Заявление о возврате налогоплательщик может подать в налоговый орган по месту своего учета в электронной форме - по телекоммуникационным каналам связи (ТКС), подписав усиленной квалифицированной электронной подписью (УКЭП), через «Личный кабинет налогоплательщика», подписав электронной подписью налогоплательщика, или в бумажном виде. 

Физические лица также могут подать заявление в составе налоговой декларации 3-НДФЛ. Заявление на возврат денежных средств, составляющих положительное сальдо по ЕНС, утверждено Приказом ФНС России от 30.11.2022 NoЕД-7-8/1133@.Если положительное сальдо ЕНС меньше суммы, заявленной к возврату, то деньги вернут в пределах положительного остатка.
Поручение на возврат будет направлено в Казначейство России не позднее дня, следующего за днем после получения заявления от налогоплательщика. Если в налоговом органе отсутствует информация о счете, указанном в заявлении плательщика, срок возврата увеличится на период получения налоговым органом данной информации от банка. Банк должен предоставить ответ в течение 3 рабочих дней.